Theo sách Đại Việt thông sử, Trần Nguyên Hãn người huyện Lập Thạch, dòng dõi Tư đồ Trần Nguyên Đán, có học thức, giỏi binh pháp.[1]

Phạm Đình Hổ[2] và Nguyễn Án trong sách Tang thương ngẫu lục, Trần Trọng Kim trong Việt Nam sử lược và Phan Kế Bính đều cho rằng Trần Nguyên Hãn là người Hoắc Xa, huyện Quảng Oai, Sơn Tây (nay thuộc huyện Ba Vì, Hà Nội). Trần Xuân Sinh bác lại ý trên. Ông nói rằng mình từng tới xã Hoắc Xa (còn được gọi là Vân Xa), nhưng dân xã này thờ Trần Khát Chân và họ - dân xã này – cũng không biết gì về Trần Nguyên Hãn cả. Từ luận cứ trên, tác giả này cho rằng Trần Trọng Kim trong Việt Nam sử lược và Phan Kế Bính đã dựa vào Tang thương ngẫu lục mà lầm theo.[3]

Sách Đại Việt thông sử viết rằng ông:Có học thức, giỏi binh pháp và là dòng dõi của Tư đồ Trần Nguyên Đán.[1] Trần Nguyên Đán là tôn thất nhà Trần, làm quan Tư Đồ, gửi gắm con mình cho Hồ Quý Ly, nên khi Hồ Quý Ly cướp ngôi nhà Trần, họ Trần bị giết, chỉ có con cháu được Quý Ly cho sống. Đến đời con là Trần Thúc Giao, Trần Thúc Quỳnh đầu hàng, làm ngụy quan cho nhà Minh, bị nhà Hậu Trần giết cả nhà cùng 500 người, không rõ Trần Nguyên Hãn là con cháu của ai.[4]